即使自来水本身没问题，也可能存在二次污染。很多城市的输水管道还是五六十年代的铸铁管，经过几十年的使用，管内铁锈、青苔、细菌密布，存在严重的污染隐患。

为杀菌，有些人烧开水喝。事实上，自来水烧开后，虽然细菌被杀死，但细菌的尸体仍然残留在水里，成为人体发热的根源，即医学上所说的“致热质”。

加氯消毒的传统沉淀过滤过程中，氯与水中的腐黑素合成为三氯甲烷，是世界上公认的致癌物质。水烧至90至100度之间三氯甲烷是生水的3至4倍。自来水未经过沉淀直接养鱼鱼会死，但人和鱼相比体积大，氯对人体的毒害不会立刻显现出来。

国家调查显示，桶装水有三成不合格，其菌落群数严重超标。除生产原因外，还有一部分是桶的原因，部分劣质桶的塑料含有致癌物质。而大型名牌水生产厂对桶装水用户的要求是不能将其桶与其它厂家的桶混淆，因为他们的桶是用ABS的无毒塑料做的。

有些人注意到桶装水的质量问题，正规生产厂的桶装水，开封后要求在3日内喝完。但还是舍不得用买来的水淘米、洗菜、做饭或洗白色衣物，因此无法从根本上避免水污染。

许多家庭将水沉淀后使用，使一部分细菌、杂质沉淀，但水箱、浴盆会结出大量水垢难以清洗，太阳能热水器的加热管也会因水垢堵塞而严重影响其使用寿命和使用安全。